З 1-го квітня 1959 року Святошинська лікарня, згідно наказу Київського міського здороввідділу №168, перейменована в 3-ю районну лікарню Жовтневого району м. Києва.
До складу лікарні ввійшли: поліклініка та стаціонар на 200 ліжок, в тому числі:
- терапевтичне відділення на 70 ліжок;
- хірургічне відділення на 50 ліжок;
- гінекологічне відділення на 40 ліжок.
З 1-го січня 1970 року 3-я районна лікарня Жовтневого району перейменована в лікарню №5 Жовтневого району.
З 1971 року лікарня №5 Жовтневого району була перепрофільована в лікарню №5 (інфекційну) для хворих з гострими кишковими інфекціями м. Києва. В зв’язку з цим були закриті терапевтичне, хірургічне, гінекологічне та дитяче відділення і відкриті 4 інфекційні відділення на 250 ліжок, в тому числі 40 ліжок для лікування дитячих інфекційних хвороб.
З 1 січня 1979 року медико-санітарна частина Київського авіаційного виробничого об'єднання (КиАВО), як структурний підрозділ лікарні №5 (інфекційної) відокремилася і стала самостійною медичною структурою в приміщенні житлового будинку по вул. Кулібіна, 4/2.
У вересні 1982 року в зв’язку введенням в експлуатацію нової будівлі лікарні по вул. Відпочинку, 11, лікарня була перейменована на лікарню №26 авіаційних підприємств КиАВО та Київського механічного заводу (КМЗ) .
До складу лікарні ввійшли:
- поліклініка, яка обслуговувала працівників підприємств авіаційної промисловості (КиАВО, КМЗ) і 15 тис. прикріпленого населення Ленінградського району (близько прилеглі вулиці), та стаціонару на 240 ліжок.
З лютого 1988 року лікарня №5 (інфекційна) ввійшла до складу Центральної районної лікарні Ленінградського району м. Києва, як інфекційний стаціонар. В 1990 році Центральна районна лікарня Ленінградського району м. Києва реорганізована в Ленінградське районне медичне об’єднання м. Києва.
1 січня 1997 року лікарня №26 МСЧ КиАВО ліквідована, як юридична особа та прийнята на баланс Ленінградського районного медичного об’єднання та стаціонар лікарні іменується, як соматичний стаціонар.
В 1998 році Ленінградське районне медичне об’єднання м. Києва реорганізовано в Територіальне медичне об’єднання Ленінградського району м. Києва у складі з клінічною лікарнею №5 до якої ввійшли інфекційний та соматичний стаціонари.
З 01.01.1999 року реорганізована в Київську міську клінічну лікарню №5, як самостійний лікувальний заклад міста Києва.
За минулі роки головними лікарями закладу були:
з 1959 р. по 1973 р. - Гусаров Павло Терентійович;
з 1973 р. по 1983 р. - Паламарчук Євген Семенович;
з 1983 р. по 1988 р. - Степнова Валентина Олександрівна;
з 1988 р. по 1996 р. - Макомела Роман Миколайович;
з 1979 р. по 1997 р. - Василюк Лариса Михайлівна (головний лікар лікарні №26 МСЧ КиАВО);
з 1996 р. по 1999 р. - Подковська Данута Федорівна;
з 1999 р. по 2003 р. - Юрченко Володимир Дмитрович.
З квітня 2003 року і по теперішній час Київську міську клінічну лікарню №5 очолює головний лікар Юрченко Олександр Володимирович.